Lúc đầu, các Giám mục không chịu chấp nhận Cranmer. Khi đến thăm các giáo phận, ông buộc phải tránh những nơi có Giám mục muốn thách thức thẩm quyền của ông. Trong năm 1535, Cranmer gặp khó khăn với một số Giám mục, trong đó có John Stokesley, John Longland, và Stephen Gardiner. Họ phản đối quyền lực và danh hiệu của Cranmer với lập luận Đạo luật Quyền Tối thượng không xác định vai trò của ông. Điều này thúc đẩy Thomas Cromwell, thủ tướng của nhà vua, phải hành động. Ông đảm nhận vị trí số hai trong giáo hội, chỉ sau nhà vua.[25] Cromwell ban hành một bộ qui chế xác lập rạch ròi cấu trúc của quyền tối thượng dành cho nhà vua. Trong việc điều hành giáo hội, tổng Giám mục bị Cromwell chi phối.[26] Tuy vậy, không có dấu hiệu bất bình nào từ Cranmer.[27] Dù là một học giả xuất chúng, Cranmer không có đủ bản lĩnh để đối đầu với những kẻ chống đối mà không hề nao núng. Công việc này nên dành cho Cromwell.[28]

Ngày 29 tháng 1 năm 1536, khi Anne sẩy thai một con trai, nhà vua suy nghĩ lại về sự cấm đoán theo Kinh Thánh đã ám ảnh ông suốt trong cuộc hôn nhân với Catherine Aragon.[29] Ông bắt đầu quan tâm đến Jane Seymour. Ngày 24 tháng 4, ông ra lệnh Cromwell chuẩn bị hồ sơ ly hôn.[30] Cranmer không biết gì về kế hoạch này. Ngày 2 tháng 5, Anne bị bắt giam tại Tháp Luân Đôn, Cromwell triệu khẩn cấp Cranmer. Ngay hôm sau, Cranmer viết thư gởi nhà vua bày tỏ sự hoài nghi của ông về những cáo buộc đối với Anne. Khi lá thư được gởi đi, Cranmer nhận ra rằng sự kết thúc của cuộc hôn nhân là điều không thể tránh khỏi.[31] Ngày 16 tháng 5, ông đến Tháp Luân Đôn thăm Anne và nghe cô xưng tội, hôm sau ông tuyên bố cuộc hôn nhân bị hủy bỏ. Hai ngày sau, Anne bị hành quyết.[32]

Cromwell điều chỉnh tiến trình cải cách theo ý nhà vua. Bản tuyên tín '"Mười Tín điều" ra đời thể hiện thế cân bằng giữa quan điểm bảo thủ và cải cách, là nỗ lực đầu tiên định hình niềm tin của giáo hội dưới triều Henry. Bản tuyên tín có hai phần. Năm tín điều đầu thể hiện quan điểm cải cách bằng cách nhìn nhận hai trong số bảy thánh lễ từng có: Báp têm, Tiệc Thánh, và Ăn năn. Năm tín điều sau phản ánh lập trường nhóm bảo thủ liên quan đến ảnh tượng, các thánh, nghi lễ, và ngục luyện tội. Sự tranh chấp giữa hai nhóm bảo thủ và cải cách thể hiện trong việc chỉnh sửa văn kiện giữa Cranmer và Cuthbert Tunstall, Giám mục Durham. Văn kiện sau cùng vừa làm hài lòng vừa gây bất bình cho cả hai phía.[33] Ngày 11 tháng 7, Cranmer, Cromwell, cùng đại hội đồng chức sắc, ký vào bản tuyên tín.[34]

Mùa thu năm 1536, miền Bắc nước Anh oằn mình dưới một loạt những cuộc nổi dậy tập thể gọi là Pilgrimage of Grace, sự đối kháng nghiêm trọng nhất đối với những chính sách của Henry. Cromwell và Cranmer là mục tiêu chính của những người chống đối. Cromwell và nhà vua đứng ra dập tắt cuộc nổi dậy, trong khi Cranmer lui về phía sau.[35] Sau sự kiện này, triều Henry trở nên vững chãi, chính phủ khởi sự điều chỉnh những điều bất cập trong bản "Mười Tín điều". Kết quả của những tháng tranh luận là The Institution of a Christian Man, được biết đến nhiều hơn như là ấn bản đầu tiên của Sách các Giám mục. Trong tháng 2 năm 1537, cuốn sách được trình trước hội đồng do Cromwell triệu tập và khai mạc, kế đó Cranmer cùng Foxe chủ tọa và điều phối hội đồng. Foxe thực hiện phần lớn khâu biên tập sau cùng, cuốn sách được xuất bản vào cuối tháng 9.[36]

Tuy nhiên, vai trò của cuốn sách là không rõ ràng bởi vì không có được sự ủng hộ hoàn toàn từ nhà vua. Mối bận tâm chính của Henry là tình trạng thai nghén của Jane Seymour và sự ra đời người kế vị mà ông đã mong đợi từ lâu. Từ trần chỉ một thời gian ngắn sau khi hạ sinh Edward, Jane được an táng ngày 12 tháng 11. Trong tháng ấy, nhà vua mới bắt đầu đọc Sách của các Giám mục, rồi gởi những chỉnh sửa đến Cranmer, Sampson, và những người khác để thu thập ý kiến. Cranmer góp ý nhiều hơn, cũng như có nhiều bất đồng hơn với nhà vua so với các đồng nghiệp của ông.[37] Dù còn khá mơ hồ, thí dụ như ủng hộ thần học cải cách trong các vấn đề như xưng nghĩa bởi đức tin hoặc sola fide (duy đức tin), và giáo thuyết tiền định, những trình bày của Cranmer không thuyết phục được Henry. Bản tuyên tín bị dời lại cho đến năm 1543 với việc xuất bản Sách của Nhà vua.[38]

Năm 1538, Henry và Cromwell sắp xếp mời các vương hầu Lutheran đến thảo luận về việc thành lập một liên minh tôn giáo và chính trị. Trước đó, từ mùa hè năm 1537, nhà vua đã tìm kiếm một sứ thần mới từ Liên minh Schmalkaldic. Những người Lutheran quan tâm đến lời mời cử một phái đoàn hỗn hợp với đại biểu đến từ những thành phố khác nhau ở Đức, trong đó có Friedrich Myconius, một đồng sự của Martin Luther. Ngày 27 tháng 5 năm 1538, phái đoàn đến Anh. Sau vài lần hội kiến với nhà vua, tại Điện Lambeth, phái đoàn thảo luận với Cromwell và Cranmer về những dị biệt từ hai phía. Không có sự tiến bộ rõ rệt, một phần do Cromwell quá bận tâm đến nỗ lực đẩy mạnh tiến trình, phần khác do phía người Anh với chủ trương quân bình giữa lập trường bảo thủ và cấp tiến. Cuộc đối thoại kéo lê qua mùa hè, người Đức tỏ ra mỏi mệt bất kể những cố gắng của Tổng Giám mục. Nhưng khi nhà vua bổ nhiệm Cuthbert Tunstall, một đối thủ của Cranmer, thay thế vị trí của Edward Foxe qua đời hồi đầu năm, cuộc đối thoại trở nên bế tắc. Khi phái đoàn Đức gởi bức thư ngày 5 tháng 8 đến Henry đề cập đến những vấn đề họ đặc biệt quan tâm (bắt buộc các chức sắc sống độc thân, không cho phép tín đồ uống chén trong lễ Tiệc Thánh, và tiếp tục cử hành lễ misa cho người chết), Tunstall nắm bắt cơ hội để can thiệp với nhà vua và tác động đến quyết định. Hậu quả là nhà vua hoàn toàn bác bỏ nhiều kiến nghị của phái đoàn Đức. Dù Cranmer cố nài nỉ những người Đức ở lại với lập luận "xin hãy quan tâm đến nhiều ngàn linh hồn ở Anh" đang lúc nguy khốn, ngày 1 tháng 10, phái đoàn Đức rời nước Anh.[39]